发布于:2022-11-22
原创

RNA 测序助力临床——少见融合基因病例分享

大家好,我是高博医学(血液病)北京研究中心北京高博博仁医院的林跃辉大夫

RNA 测序助力临床——少见融合基因病例分享

在我的实际工作中,经常会有患者问:医生,医生,我做的检查挺全的呀,怎么还需要做呢?

或者:这些检查,我在其他医院已经做了呀,有必要再在你们医院重复做吗?

其实这样的问题很多很多,最近我接收了几个患者,深有感触,在这里我会陆续分享给大家,希望大家能够理解:

1、我们做的每一项检查都很有必要。

2、虽然有些检查的项目名称及针对的检测内容都是一样的,但是可能涵盖的范围不同:比如有些医院做的基因变异仅仅十几种或者一百多种基因变异,我们医院可以做到几百种;比如常规的融合基因筛查仅包括四十多种或者五十多种融合基因,现在的 RNA seq 检测方法几乎可以涵盖所有的融合基因。

3、疾病的不同时期,各种检查结果有可能会发生变化:比如初发病时的基因变异与复发时的基因变异、不同时期的染色体均有可能发生变化。

病例分享

基本情况

患儿,女,13 岁。

诊断:急性 B 淋巴细胞白血病。

病情简介

患儿 2020 年 03 月无明显诱因出现下肢皮肤出血点,逐渐遍及面部及胸部,伴乏力,食欲下降,无其他不适,查血常规:WBC6.5×109/L,血红蛋白 72 g/L、血小板 13×109/L;骨髓检查;急性 B 淋巴细胞白血病(染色体核型:47,XX,add(12)(p12),+mar[10];常见融合基因筛查及 PH 样急性淋巴细胞白血病基因均阴性)。

给予规律化疗,白血病得到流式细胞术检测残留白血病阴性缓解(免疫学水平缓解)。于起病 1 年左右时,患儿中枢复发,给予鞘内注射联合 CD19 CAR-T、CD22 CAR-T、补给化疗及其他免疫治疗,并行中枢放疗,本病骨髓及中枢白血病再次持续缓解约 1 年左右的时间,后本病再次骨髓及中枢全面复发。

重新评估

此次复发后,患儿收入我科,收入我科后,建议患儿家长完善白血病相关检查、包括遗传学及基因学检查。因为患儿外周血肿瘤细胞比例很高,所以以下检查都是用外周血送检的。具体结果如下:

01 细胞形态学

RNA 测序助力临床——少见融合基因病例分享

02 流式细胞术

RNA 测序助力临床——少见融合基因病例分享

20.81%(占全部细胞)的 CD19+/CD45dim+细胞,表达 CD22、CD10 、HLA-DR、CD58、CD81 和 CD38,部分表达 CD34,不表达 CD20、CD123、CD14、CD7,为异常幼稚 B 淋巴细胞。

03 染色体及 FISH

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47,XX,+8,?t(9;14)(p13;q11),del(17)(p11),inc[cp17]/46,XX[3]

FISH:P53 缺失

04 基因学 RNA seq

① RNA seq

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MEF2D-HNRNPUL1 融合变异阳性

② 血液肿瘤基因突变

未查到有效基因突变。

治疗

患儿入我科后,查脑脊液提示中枢神经系统白血病,给予全身化疗的同时进行多次鞘内注射化疗药物治疗中枢神经系统白血病。由于患儿白血病细胞仍然表达 CD19,故再次给予人源 CD19 CAR-T 细胞治疗,期间患儿发生 1 级 CRS,CAR-T 半月及一个月时左右复查骨髓均达到了基因水平的缓解。

目前已完成异基因造血干细胞移植,复查骨髓及脑脊液均为基因水平的完全缓解。

讨论:

这个病例看似就是一例 CAR-T 治疗复发难治 B 急淋的成功案例,虽然这样的病例在我们中心并不在少数,但我想特别强调的是:这个病人末次复发时在我们这里进行了疾病的重新评估,使得我们对患儿的疾病有了新的认知,这或许能够解释患儿为什么多次复发而且在序贯 CAR-T 后仍然复发,并且为患儿在后续治疗中提供了可能有效的治疗靶点,以及疾病治疗疗效的最为敏感的追踪指标。

在这里简单先学习一下 MEF2D 相关的融合基因:这类融合基因在急性淋巴细胞白血病中的大概发生率 2%-5%,其常见的伙伴基因包括:BCL9、CSF1R、DAZAP1、HNRNPUL1、SS18,其中 BCL9 最为常见。发生这类融合基因变异的病人,通常发病年龄偏大、具有独特的免疫表型、基因拷贝数的改变,提示预后不良,有可能从组蛋白去乙酰化酶抑制剂治疗中获益。

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