在阜阳市卫生健康委员会、市财政局印发的《关于公布「十四五」市级临床重点专科建设项目的通知》中，阜阳市妇女儿童医院普通外科、妇产科、儿科、眼科、骨科 5 个科室获批「十四五」市级临床重点专科建设项目。
这标志着阜阳市妇女儿童医院积极推动建设重点专科，发展优势学科的工作迈上了一个新的台阶。近年来，在院党委的带领下，医院高度重视重点专科建设，取得了优异的成绩。截止目前，我院有 1 个省级省临床重点专科建设项目：小儿外科；4 个县级省临床重点专科建设项目：普外科、中医科、眼科、儿科；5 个市级重点专科：妇产科、儿科、眼科、骨科。已形成了较为健全的省、市二级重点专科网络。
普通外科
普外科是集医、教、研为一体的综合模式科室，科室下设外一科（疝与腹壁、肝胆）、外二科（甲状腺、乳腺、血管）、外三科（胃肠、肛肠）三个病区。科室拥有一批勇于创新、积极进取的人才，多位青年才俊在省市级甚至国家级组织的肝胆胰、胃肠、疝视频比赛中获得优秀成绩，受到业界好评。目前是皖南医学院、安徽理工大学本科临床带教科室。科室连续多年获院先进科室、先进临床带教科室荣誉。
全体医护人员紧跟时代步伐，兢兢业业，大胆创新，科室飞速发展，腔镜微创诊疗技术不断进步与升华，打造专业的技术团队，精细化智慧化的服务为区域内广大患者提供高质量、系统性的健康保障。
妇产科
妇科致力于妇科亚专科发展，下设妇科肿瘤病区、普通妇科、宫颈疾病诊治中心、妇女保健科、生殖中心、计划生育科、中医妇科，在妇科领域是阜阳市亚专科发展最齐全的科室。历经六年的学科建设，治疗疾病的种类逐渐增多，涉及面逐渐拓展。
产科自 2016 年 12 月实行二级分科以来，历经六年的学科建设，致力于三大发展方向的发展：产科危急重症急救能力的建设，普通产科温馨无痛人性化的分娩体验，产前诊断工作的开展以期降低出生缺陷发生率。
产科急危重症的救治——面向八个县市区，以及周边亳州、河南、六安，每年收治产科急危重症综合救治 110 人左右，依托产科急救团队和院内 MDT 团队保障孕产妇的安全。利用区、市、省级高危转诊平台，做到危重孕产妇的上下转诊顺畅运行。
通过早孕建册、规范的孕期保健，做好产科特色门诊 (孕期营养与体重管理门诊、助产士门诊、遗传咨询门诊、糖尿病门诊，孕妇学校教育)、分娩中心的无痛分娩、导乐及家属陪伴分娩、自由体位分娩、无保护会阴接产技术的实施，使得产科的头位顺产率逐年提高，剖宫产随之明显下降，LDRP 家庭化产房，能够满足不同层次人群的需要，提高孕产妇满意度给他们更好的就诊体验。在上级医联体医院的督导下，产科每月进行严格质控，大大提升了产科安全。
儿 科
儿科现分为儿一病区、儿二病区、新生儿病区、儿童重症监护病区，儿科病区面积达 9299 平方米，开放床位 160 张。科室人员与整体设施配备到位，为儿科的发展提供了雄厚的支撑力量。年收治病人近 9000 人。
儿科 2018 年-2020 年连续三年被评为阜阳市「青年文明号」，新生儿科 2017 年被评审为阜阳市重点培育专科，2020 年以优异的成绩顺利通过市重点培育专终末期验收。
眼 科
眼科现已发展为集医疗、教学、科研和防盲治盲于一体的市级临床重点专科。眼科拥有病房、门诊、屈光中心、视光中心、新生儿眼病筛查中心及阜阳市儿童青少年近视防控中心。科室与复旦大学附属眼耳鼻喉科医院、上海交大附属第九人民医院、中国科学技术大学附属第一医院、安徽医科大学第一附属医院等三甲医院建立长期的学术交流和人才培养计划，并形成医联体模式，其知名专家定期来院指导与手术。
目前科室拥有床位 25 张。眼科拥有医师总人数 11 人，验光师 3 名，门诊专科护士 2 名，病房护士 8 名。已建立起一支以李忠民教授为学科带头人的优秀临床专家及科研团队，包括阜阳市专业技术拔尖人才 1 名、颍淮名医 1 名、阜阳市卫生科技工作先进个人 1 名、阜阳市儿童青少年近视防控专业委员会主任委员 1 名，承担阜阳师范大学横向科研项目《基于人工智能的阜阳市新生儿眼底筛查流行病学研究》、阜阳市卫生健康委科研面上项目《眼轴和轴率比的变化与儿童青少年近视发生发展的相关性研究》，并承担安徽理工大学、阜阳师范大学的眼科教学。
根据国家卫健委发布的十四五全国眼健康规划，加强「一老一小」重点眼病防治，「小」在于逐步加强儿童青少年近视防控筛查和新生儿眼底筛查工作，争取实现 0-6 岁儿童每年眼保健和视力检查覆盖率达到 90% 以上，逐步降低儿童青少年近视发生率:「老」在于聚焦白内障、眼底病、青光眼等老年重点眼病。
眼科下设白内障与晶状体疾病、玻璃体视网膜疾病、青光眼及视神经疾病、屈光及视光学、眼眶及眼肿瘤、小儿眼科与斜弱视、眼表疾病等三级学科。
骨 科
骨科下设骨一科（脊柱、手外）、骨二科（关节、创伤）两个病区，开放床位 80 张。骨科紧跟时代脉搏，与前沿发展同步，积极与上级医院开展学术交流活动，积极开展多项科研工作。
阜阳市妇女儿童医院始终以群众需求为指引，在高质量发展的道路上，狠抓软硬件建设，紧紧围绕内涵质量，确实抓住重点专科建设战略机遇期，把创建重点专科作为提升学科技术能力、管理能力的有效途径，扎实推进学科建设，以创建重点专科为抓手，做好学科建设和人才培养，规范科室管理，提升服务能力，积极开展新技术、新项目，为阜阳人民群众提供优质、高效、安全、便捷的诊疗服务。
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